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186 2025-07-29
叮!Joy带着干货满满的第二期来了!
在上一期中 “研途指南”兼职辅导员工作室的
学长学姐主要解答了以下三个问题:
实验方案怎么设计?
数据不符合预期怎么办?
怎么写综述?
这期又有新看点!
如何科研制图?
如何检索流行病学数据?
新“二连击”是否击中你的知识盲区(bushi)?
快快带着问题来学习吧!
关于“研途指南”兼职辅导员工作室
交大医学院通过培养单位推荐与医学院选拔相结合的方式,遴选优秀高年级研究生党员担任兼职辅导员,组建 “研途指南”兼职辅导员工作室。研究生兼职辅导员队伍始终致力于发挥朋辈榜样的带头作用、示范作用和辐射作用,与专职辅导员形成合力,逐渐成为一支“政治强、业务精、素质高、作风正”的队伍,为研究生答疑解惑、排忧解难。
一、科研制图的基本策略与手段
作者:巴突尔
中共党员,研究生兼职辅导员,2018级上海交通大学医学院附属瑞金医院普外科博士研究生,主要从事结直肠癌发生机制研究,已发表一作SCI论文4篇,曾担任瑞金医院研会副主席,获上海交通大学三好学生、优秀团员等称号。
在没有足够时间通读文献全文时,浏览图表便是最快了解全文工作内容的途径。假如图表数据的逻辑性、全面性决定我们如何评价这篇研究的质量和严谨度的话,图表外观的美观性、一致性则可以让我们窥探出作者的叙事风格和真诚度。
一套排版讲究、配色舒适的Figures,加上一张逻辑清晰、重点突出的Graphical Abstract会让读者(编辑、审稿人)赏心悦目的同时,也能为研究增色不少。
科研图表根据来源大致分为以下几类:
1
实验拍摄图
顾名思义,是指用显微镜、扫描设备或摄像机获得的图片,所拍即所得。
因为这类图片一般可以直接反应实验结论,其可重复性尤为重要。真实、客观、清楚地展示实验所得,是处理实验拍摄图片的最大原则!其中涉及的明暗调整、箭头标注、比例尺放置等在各大期刊「作者须知」部分均有详细描述。假如不同期刊在对免疫印迹等一些图片上的要求存在出入,建议从研究开始时就以较严格的那版规定留存图片,防止审稿中杂志社或审稿人提出更高要求。除此之外,我们还能控制的「变数」即照片清晰度,保存尽可能高分辨的图片能使我们在之后的图片处理中更加从容。
2
数据展示图
通常指定量或半定量资料的统计与分析图。从我们小学二年级就开始使用的MS Excel,到Graphpad Prism、Origin Pro等作图软件,再到R、Python类型的语言平台,都可以输出我们想要的图表。
以GraphPad Prism为例,只要你愿意通读它的说明书(懒人可以百度关键词「图表类型+Graphpad」),它可以搞定包括热图在内的众多图表,并且输入界面友好、设置方式便利。
在这里我们不得不引出图表设计的千古难题---配色。GraphPad Prism提供的配色方案并不少,而且名称极富诗意:无论是「啤酒与艾尔」、「羊绒围巾」,还是「大地之韵」、「色盲之友」都适合于不同的场景。假如觉得内置模板商业气息太重,也可以从其他专业网站搜寻灵感,例如:color.adobe.com, color-hex.com等。当然,如果觉得自己目前还难以驾驭色彩搭配,更稳妥的方式是借鉴前辈,可以在CNS或Lancet、JAMA上挑一篇心仪的风格,跟着大佬总不会错。
GraphPad 配色方案
相比与 GraphPad,Origin Pro则更像一款专门为科学研究打造的软件,它可以胜任的数据图表类型也更全面。但在2021年的今天,无奈其仅支持 Windows 平台的倔强,Mac 用户使用前要多费一些周折。
但无论是用何种工具输出图表,需牢记的原则无非几点:
• 横纵轴名称和单位统一吗?
• 组间统计值示意清晰吗?
• 字号大小足够读者分辨吗?
这里的字体可以使用主流的衬线字体Times New Roman或非衬线字体Arial等。切忌花哨,投稿时可能平添烦恼。
3
晋级「科研人」
Office软件中的SmartArt功能可以说是输出层级类图表的神器。只要文案分级清楚,各类流程图表秒出!但平时用它来对付标书尚说的过去,如果遇到挑剔一点的杂志可能会被勒令修改。
流程图和机制图一样,亲手添加部件是灵活性最高的制作方法,而常用的软件无外乎 PowerPoint (PPT)、PhotoShop (PS)还有Adobe Illustrator (AI);也有在线工具如mindthegraph.com,biorender.com 等,针对非会员用户可能仅开放部分功能。
一张读者满意的示意图需要以下特质即可:
• 简洁易懂
• 亮点突出
• 色调舒适
当你阅文无数就会发现,就是 CNS 的示意图也多是我们笔记本里常用的软件即可实现的。假如你现在对 Adobe 软件还不熟练,何不打开PPT探索它的更多功能?
4
图片排版
问起排版,身边不少同学习惯用PS,长一辈的老师可能会用 PPT。而我,会选择AI!它具有PPT望尘莫及的排版灵活性和输出多样性,也具备PS难以企及的多图表同时处理功能和矢量图编辑功能。
诚然,刚摸索AI时,我们都会对它陌生的操作逻辑感到困惑甚至羞恼,例如因为不了解「嵌入」机制,我也曾丢失过原始图片。但当领悟了AI的对齐功能之后、掌握了「动作」流程之后,再配合PS帮你处理好位图,整个排版就会变得像水银泻地般一气呵成。
学习Adobe软件推荐官网教程(helpx.adobe.com),上面不仅有全面的功能解析、精细的操作流程,工程师们更会从底层逻辑出发帮你理解他们产品的运行思路,帮助你举一反三。
Adobe官网界面
作为科研打工人,尽管我们的日常生活可能远离交际、远离喧闹,但内心深处我们也是普罗大众,也有同样的对美的追求。尽管有时会被外人贴上「衣品差」、「不会穿搭」之类的虚假标签,但那多是因为我们埋头工作疏于打理。
毕竟,我们的审美不必体现在衣着上,而在我们的论文里!
二、关于流行病学的数据,如何进行有效检索?
作者:庄玲芳
中共党员,研究生兼职辅导员,2019级上海交通大学医学院附属瑞金医院心内科博士研究生,目前主要从事心肌梗死与心脏炎症的机制研究,发表SCI论文3篇,曾获上海交通大学优秀毕业生。担任瑞金医院2019级党支部书记。
疾病的流行病特征和临床表现可以通过许多途径获得,最基本也是最重要的是通过阅读文献和指南,查阅WHO的report,研读最新的临床指南。一些质量较高的reviews和clinical articles能较好地总结疾病的流行病学特点,描述疾病的分布、发病率、死亡率等数据,文献中还可查阅疾病的治疗指南等情况。通过阅读这些文献,能够了解疾病的流行病学特征和治疗指南。而除了阅读文献外,科研小白还可以通过以下途径对疾病的流行病学特征进行了解:
1
综合疾病数据库---Malacards
https://www.malacards.org/
Malacards数据库是人类疾病及注释的综合数据库,该数据库整合了多个数据库的信息,在网站首页直接检索我们感兴趣的疾病后,网站会弹出相关的topic,点击其中最相似的疾病后可获得该疾病的定义、分布、疾病相关基因与基因突变信息、相关疾病论文发表情况、通路及症状、表型药物等内容。也就是说,通过该数据库,你可以查看疾病-基因之间的关系,也可以通过网站中包含的丰富的板块看到多个数据库对于该疾病的总结,甚至在Related Diseases板块,通过认识疾病之间的相互作用关系,方便我们在研究的时候把不同的疾病联系起来。
Malacards首页
2
世界卫生组织流行病学数据系统---WHOSIS
http://www.who.int/whosis/
WHOSIS是WHO在网上建立的统计信息系统, 提供其统计学和流行病学数据信息。通过WHOSIS 系统可利用关键词途径检索WHO网站上的数据信息, 也可以通过该网页链接到WHO各专门数据库。
3
如果想要查看疾病相关的指南,除了直接阅读文献外,还可以登录英国国家卫生和临床示范研究所(National Institute for Health and Clinical Excellence;NICE)进行相关指南的搜索,指南的网址是: http://www.nice.org.uk。NICE收录一定数量涉及临床相关领域的指南,检索可选用主页上的直接检索,也可进入具有更多选择功能的检索页面;还可以针对指南的类型、主题或发表的时间等进行浏览或检索。
学到这里
相信大家收获了很多关于
“制图技巧、流行病学检索”的知识
下一期我们将获得学长学姐对于
“如何和导师相处、科研与学习的平衡”
相关问题的解答
下期再见!
最后
祝大家端午安康!
“博极医源·医路相伴”学业资料及成长经验整合分享平台
上海交通大学医学院“博极医源·医路相伴”学业资料及成长经验整合平台(简称 “博医平台”)由医学院学生联合会牵头建设,学联学术交流中心具体负责实施。我们联合交医各学生组织、班级团支部、学生个人等力量,整合交医学生在课程学习及考试、临床实习、科研三个学业阶段所需的学习资源,并关注每一阶段及阶段转换过程中的成长经验需求,通过推送、讲座等形式,旨在搭建内容全面、获取便捷、满足广大同学需求的资料及经验分享平台,助力交医学生走好学医路上的每一步。
博医平台由“医学课代表”、“科研航站楼”、“临床实习通关宝典”及“‘医路相伴’医学生职业生涯规划论坛”四个栏目组成,分别关注课程学习及考试、临床实习、科研三大成长阶段及医学生职业生涯规划问题。欢迎广大同学积极向博医平台投稿!如果您有任何想法,请直接联系小医生Joy公众号后台,以【博医平台+主题+思路概述】为格式并附上个人联系方式,我们会与您取得联系,共同推出精品内容。期待与您共同打造交医学子信任的学业整合平台品牌,营造交医浓厚的学习氛围!
END供稿丨“研途指南”研究生兼职辅导员工作室
整理丨顾思捷
排版丨张槿昕
责编丨陈秋含 李嫣然 邱鸣凤
审核丨金子 张海扬 程雅青